Identification of microRNA in rice (Oryza sativa)

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dc.contributor.advisorSudhir Kumar
dc.contributor.authorMamta Rani
dc.date.accessioned2016-10-27T10:49:19Z
dc.date.available2016-10-27T10:49:19Z
dc.date.issued2012
dc.description.abstractTh e pr e s e n t i n ve s t i g a t i on h a s be e n un d er t a k en t o i d e n t i f y m i c r oRNA i n Or y z a s a t i v a u s i n g c om p u t a t i on a l a p pr oa c h . Th e m i RNA p l a y s i g n i f i c a n t r ol e i n pl a n t bi ol og y a s n e g a t i ve r e g u l a t or of g e n e e x p r e s s i on a n d h a ve b e e n s h own t o r e g u l a t e d i ve r s e fu n c t i on s i n c l u di n g t r a n s c r i pt i on , c a t a l ys i s , t r a n s p or t er a c t i vi t y, s t r e s s r e s p on s e , p r ot e i n d e g r a d a t i on , n ut r i e n t m e t a bol i sm , r oot g r owt h , or g a n d e ve l op m e n t s u c h a s l e a f m or ph og e n e s i s . In p l a n t s , m os t o f t h e mi RNA bi n d t o c od i n g s e q u e n c e or op e n r e a di n g f r a m e of t h e i r m RNA t a r g e t s wi t h p er fe c t or n e a r l y p e r fe c t c om p l em e n t a r i t i e s a n d i n d u c e s t a r g e t m RNA c l e a va g e . I n t h e p r e s e n t s t u d y, 1 2 9 m i RNAs we r e i d e n t i f i e d i n r i c e g e n om e b y i d e n t i f yi n g p a l i n dr om e s e q u e n c e s a n d pr e d i c t i on of s e c on d a r y s t r u c t ur e b y R N A f o l d , t h en f i l t e r ou t t h e s e q u e n c e s wh os e MF E s e c on d a r y s t r u c t ur e wa s l e s s t h a n - 4 0 k c a l a n d f i n a l l y a l l r e p or t e d m i RNAs we r e ve r i f i e d a g a i n s t kn own s e q u e n c e s o f m i RNAs i n m i RBa s e d a t a ba s e . T wo n ew m i RN A ( Os a - MI R8 1 2 m , Os a - MI R8 1 2 o) we r e r e p or t e d on t h i r d a n d s e v e n t h c h r om os om e . Nu m b e r s o f m i RNA r e p or t e d we r e d i f f e r e n t on d i f fe r e n t ch r om o s om e s ; h i gh er m i RNA ( 1 7 ) we r e r e p or t e d on s i xt h c h r om os om e wh i l e on l y t h r e e m i RNA we r e i d e n t i f i e d on 1 2 t h c h r om os om e . Th e m os t a bu n d a n t l y e x p r e s s e d m i RNA fa m i l i e s i n r i c e s e e d l i n g s a r e MI R1 6 9 a n d MI R1 5 6 on c h r om os om e 2 n d a n d 4 t h . S om e m i RNA ( Os a - MI R4 2 6 , Os a - MI R4 1 7 , Os a MI R4 2 0 Os a - MI R4 1 6 ) we r e f ou n d t o be c on s e r v e d be t we e n r i c e a n d A r a bi d o p s i s wh i l e Os a MI R4 4 4 e , Os a - MI R1 4 2 7 , Os a - MI R1 4 3 0 , Os a - MI R1 4 3 7 , Os a - MI R1 6 7 , Os a - MI R1 4 4 0 we r e f ou n d t o be a bs e n t i n A r a b i d o p s i s bu t pr e s e n t i n c l os e l y r e l a t e d m on oc ot s . T h e mi RNA Os a MI R3 9 9 d , Os a - MI R2 1 2 3 a we r e r e p or t e d on f i r s t a n d t h i r d c h r om os om e a n d i n vol v e d i n s t r e s s r e s p on s e s . Ot h e r m i RNA l i k e Os a - MI R8 1 2 e , Os a - MI R2 8 7 3 , Os a - MI R5 4 9 1 , Os a MI R5 5 3 4 b, Os a - MI R8 1 2 g , Os a - MI R8 1 9 k a n d Os a - MI R2 1 0 2 i d e n t i f i e d on f i r s t , t h i r d a n d n i n t h ch r om os om e a n d h a ve r e g u l a t or y r ol e i n p l a n t pos t em br yog e n i c d e ve l op m e n t , p ol l en a n d s e e d d e ve l op m e n t , d i f f e r e n t r ol e s i n s u p er i or a n d i n fe r i or s p i k e l e t s of r i c e . C on s e r ve d m i RNAs - t a r g e t pa i r s we r e f ou n d t o be a s s oc i a t e d wi t h d e ve l op m e n t a l pr oc e s s e s a n d t r a n s c r i p t i on a l r e g u l a t i on , wh i l e n on - c on s e r ve d p a i r s we r e i n vol ve d i n s i gn a l t r a n s d u c t i on a n d r e s p on s e t o s t r e s s pr oc e s s e s . A n on - s i gn i f i c a n t c or r e l a t i on ( 0. 2 7 ) h a s be e n fou n d be t we e n g e n e s a n d m i RNAs p r e d i c t e d i n r i c e g e n om e .en_US
dc.identifier.urihttp://krishikosh.egranth.ac.in/handle/1/82427
dc.language.isoenen_US
dc.publisherCCSHAUen_US
dc.subBioinformatics
dc.subjectMiRNA, mRNA cleavage , RNA fold , MFEen_US
dc.these.typeM.Sc
dc.titleIdentification of microRNA in rice (Oryza sativa)en_US
dc.typeThesisen_US
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